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重组酶聚合酶扩增在铜绿假单胞菌检测中的应用

金晓君 龚雅利 杨莉 莫邦辉 彭毅志 何鹏 赵军宁 李晓鲁

金晓君, 龚雅利, 杨莉, 等. 重组酶聚合酶扩增在铜绿假单胞菌检测中的应用[J]. 中华烧伤杂志, 2018, 34(4): 233-239. Doi: 10.3760/cma.j.issn.1009-2587.2018.04.008
引用本文: 金晓君, 龚雅利, 杨莉, 等. 重组酶聚合酶扩增在铜绿假单胞菌检测中的应用[J]. 中华烧伤杂志, 2018, 34(4): 233-239. Doi: 10.3760/cma.j.issn.1009-2587.2018.04.008
Jin Xiaojun, Gong Yali, Yang Li, et al. Application of recombinase polymerase amplification in the detection of Pseudomonas aeruginosa[J]. Chin j Burns, 2018, 34(4): 233-239. Doi: 10.3760/cma.j.issn.1009-2587.2018.04.008
Citation: Jin Xiaojun, Gong Yali, Yang Li, et al. Application of recombinase polymerase amplification in the detection of Pseudomonas aeruginosa[J]. Chin j Burns, 2018, 34(4): 233-239. Doi: 10.3760/cma.j.issn.1009-2587.2018.04.008

重组酶聚合酶扩增在铜绿假单胞菌检测中的应用

doi: 10.3760/cma.j.issn.1009-2587.2018.04.008
基金项目: 

西南医院军事医学与战创伤救治临床新技术计划 (SWH2016YSCXYB-10)

国家自然科学基金 (81171780、30600648)

Application of recombinase polymerase amplification in the detection of Pseudomonas aeruginosa

  • 摘要: 目的 建立一种优化的重组酶聚合酶扩增(RPA)方法,用于临床快速检测铜绿假单胞菌。 方法 (1)提取1株铜绿假单胞菌标准菌株DNA模板,采用PCR、实时荧光定量PCR和RPA进行检测,统计3种方法检测的加样时长、扩增时长和检测时长。(2)取1株铜绿假单胞菌标准菌株,复苏摇菌后逐次稀释为1×107、1×106、1×105、1×104、1×103、1×102、1×101集落形成单位(CFU)/mL 7个浓度梯度,以恶臭假单胞菌为阴性对照,分别提取DNA模板,进行RPA、实时荧光定量PCR及PCR,分析3种方法检测铜绿假单胞菌的灵敏性。(3)取1株铜绿假单胞菌标准菌株和4株阴性对照菌(金黄色葡萄球菌、鲍氏不动杆菌、白色念珠菌和恶臭假单胞菌),分别提取DNA模板,行RPA、实时荧光定量PCR及PCR,分析3种方法检测铜绿假单胞菌的特异性。(4)取28株甘油保存的铜绿假单胞菌临床菌株、1株棉拭子取材的铜绿假单胞菌临床菌株,以恶臭假单胞菌为阴性对照,分别提取DNA模板,行RPA。观察上述菌株是否出现阳性扩增信号,并计算其检出率。所有实验重复3次。采用GraphPad Prism 5.01统计软件对灵敏性结果进行分析。 结果 (1)RPA、PCR和实时荧光定量PCR检测铜绿假单胞菌的加样时间均为20 min,其中PCR扩增98 min,凝胶检测20 min,共计138 min;实时荧光定量PCR扩增和检测可同步完成,需90 min,共计110 min;RPA中扩增和检测也可同步完成,需15 min,共计35 min。(2)3种检测方法中恶臭假单胞菌均未出现阳性扩增信号和凝胶阳性结果。实时荧光定量PCR和PCR中铜绿假单胞菌检测下限为1×101 CFU/mL,RPA中铜绿假单胞菌检测下限为1×102 CFU/mL。RPA、实时荧光定量PCR中,铜绿假单胞菌浓度越高,出现阈值时间越短、循环数越少,即检测到阳性扩增信号的时间越短。实时荧光定量PCR中,铜绿假单胞菌浓度为1×101~1×107 CFU/mL时,均能检测到阳性扩增信号。RPA中,铜绿假单胞菌浓度为1×101 CFU/mL时,其阳性扩增信号检出率为0;浓度为1×102 CFU/mL时,其阳性扩增信号检出率为67%;浓度为1×103~1×107 CFU/mL时,其阳性扩增信号检出率为100%。(3)RPA、PCR和实时荧光定量PCR中,铜绿假单胞菌出现阳性扩增信号和凝胶阳性结果,鲍氏不动杆菌、金黄色葡萄球菌、白色念珠菌及恶臭假单胞菌4种阴性对照菌未出现阳性扩增信号和凝胶阳性结果。(4)RPA中,28株甘油保存的铜绿假单胞菌临床菌株及1株棉拭子取材的铜绿假单胞菌临床菌株均出现阳性扩增信号,恶臭假单胞菌未出现阳性扩增信号;29株临床铜绿假单胞菌阳性扩增信号检出率为100%。 结论 本研究建立的优化的铜绿假单胞菌RPA快速检测方法,耗时短,灵敏性及特异性强,对临床快速检测铜绿假单胞菌感染具有重要应用价值。

     

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出版历程
  • 收稿日期:  2017-09-26
  • 网络出版日期:  2021-10-28
  • 刊出日期:  2018-04-20

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