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噬菌体基因组PaP1的鸟枪法测序及其生物信息学分析

谭银玲,  李明,  黄建军,  饶贤才,  朱军民,  胡福泉

文章导航 > 中华烧伤与创面修复杂志  > 2006 >  22(2): 96-100
谭银玲, 李明, 黄建军, 等. 噬菌体基因组PaP1的鸟枪法测序及其生物信息学分析[J]. 中华烧伤杂志, 2006, 22(2): 96-100.
引用本文: 谭银玲, 李明, 黄建军, 等. 噬菌体基因组PaP1的鸟枪法测序及其生物信息学分析[J]. 中华烧伤杂志, 2006, 22(2): 96-100.
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TAN Yin-ling, LI Ming, HUANG Jian-jun, et al. Sequencing of bacteriophage genome PaP1 with shot-gun library and analysis of its bioinformatics[J]. Chin j Burns, 2006, 22(2): 96-100.
Citation: TAN Yin-ling, LI Ming, HUANG Jian-jun, et al. Sequencing of bacteriophage genome PaP1 with shot-gun library and analysis of its bioinformatics[J]. Chin j Burns, 2006, 22(2): 96-100.
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噬菌体基因组PaP1的鸟枪法测序及其生物信息学分析

  • 第三军医大学基础部微生物学教研室,重庆400038

基金项目: 

国家自然科学基金资助项目（30270065、30300013）

Sequencing of bacteriophage genome PaP1 with shot-gun library and analysis of its bioinformatics

  • Department of Microbiology , The Third Military Medical University , Chongqing 400038 , P. R. China

    摘要
  • 摘要: 目的对分离的铜绿假单胞菌噬菌体PaP1进行全基因组测序，并进行初步的生物信息学分析，为噬菌体的改造及其治疗奠定基础。方法采用鸟枪法随机测序和重叠群组装的策略对PaP1进行基因组测序，并通过EditSeq、开放读码框架（ORF）finder、GeneMark^TM、BPROM、FindTerm、Palindromes、Equicktandem及FAStRNA等软件对所获得的基因组序列的一般特征、蛋白质同源性序列及tRNA基因等进行分析和预测。结果PaP1基因组约为90000bp，其中最大重叠群为28249bp。在已获得序列中预测出120个ORFs、41个推定基因及9个簇集在5’末端的tRNA基因。在41个推定基因中，预测出编码DNA末端酶大亚单位、DNA解旋酶B亚单位、肽聚糖结合蛋白及3个尾丝蛋白等6个基因的功能。结论鸟枪法只能测出噬菌体基因组PaP1的部分序列，重复序列的存在是该基因组测序困难的原因。

     

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出版历程
  • 网络出版日期:  2021-10-28
  • 刊出日期:  2006-04-20

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